Pada 18 Mac 2008, Y.A.B Perdana Menteri telah mengumumkan penyusunan semula kementerian bagi pembentukan Kabinet selepas Pilihanraya Umum ke-12 dengan mencantumkan Kementerian Hal Ehwal Dalam Negeri (KHEDN) dan Kementerian Keselamatan Dalam Negeri (KKDN), menjadi Kementerian Dalam Negeri (KDN).

Bahagian ini telah diwujudkan pada 16 Ogos 2008. Manakala, Waran Perjawatan W. P. Bil. K 104/2008 untuk Bahagian ini dikeluarkan pada 26 Ogos 2008 dan Arahan Pentadbiran oleh Ketua Setiausaha Kementerian Dalam Negeri Bil. 3 Tahun 2008 telah dikeluarkan 10 September 2008. Bahagian ini telah diletakkan di bawah Sektor Keselamatan yang diketuai oleh Timbalan Ketua Setiausaha (Keselamatan).

Sebelum penubuhannya, fungsi-fungsi Bahagian ini dijalankan oleh Bahagian Keselamatan dan Ketenteramam Awam. Pada awal penubuhannya, ia dinamakan sebagai Bahagian Kepenjaraan, Antidadah dan Pertahanan Awam (PDP) selaras dengan usaha memperkemaskan peranan KDN. Namun, pada pertengahan tahun 2015 Bahagian ini telah ditukarkan nama kepada Bahagian Kepenjaraan, Antidadah dan RELA (PDR), apabila Jabatan Pertahanan Awam Malaysia ditempatkan di bawah bidang kuasa Jabatan Perdana Menteri (JPM) dan Jabatan Sukarelawan Malaysia yang dahulunya dikenali sebagai Pasukan Sukarelawan Malaysia dinaiktaraf sebagai sebuah Jabatan di Kementerian Dalam Negeri. Bahagian ini, secara amnya memantau pelaksanaan dasar, undang-undang dan peraturan di tiga agensi di bawah KDN, iaitu Jabatan Penjara Malaysia, Agensi Antidadah Kebangsaan dan Jabatan Sukarelawan Malaysia.